Это история о двух братьях. Старший — Линкольн Барроуз, парень неблагополучный, бывший наркоман — находится под стражей в тюрьме строгого режима «Фокс Ривер» в ожидании смертной казни за убийство брата вице-президента, которого он не совершал. Младший брат Майкл Скофилд решает спасти своего брата и устроить побег из тюрьмы. Для реализации плана Майкл устраивает фальшивое ограбление банка, отказывается от адвоката и сам садится в ту же тюрьму, где ждет казни его брат. В своё время он работал в фирме, которая занималась планированием объекта «Фокс Ривер» и знает немало интересных особенностей всех помещений. Вся необходимая информация всегда находится при Майкле, поскольку перед отправкой на тюремные нары он сделал себе впечатляющую татуировку на теле.

В то время как Майкл работает над выполнением плана в тюрьме, знакомясь с местными авторитетами и готовя побег века, подруга детства братьев — адвокат Вероника Донован занимается собственным расследованием убийства брата вице-президента. Она пытается выяснить, кто же подставил Линкольна и кто стоит за чередой убийств, связанных с этим делом.
Сезон 2 (2006—2007)

Группу беглецов разыскивают по всем США не только агенты ФБР (в частности, нечистоплотный детектив Алекс Махоун, который работает на «Компанию»), но и секретные правительственные структуры, замешанные в махинациях бывшего президента страны. В конце сезона Барроуза оправдывают, а Скофилд попадает в панамскую тюрьму «Сона».
Сезон 3 (2007—2008)

Премьера третьего сезона сериала состоялась 17 сентября 2007 года. Первые 17 минут премьерной серии были показаны на официальном сайте сериала 24 августа 2007. Изначально сезон должен был состоять из 22 серий, но из-за зимней забастовки сценаристов, продлившейся 100 дней, было снято лишь 13 серий. Сюжет продолжает финал второго сезона в Панаме. Хотя Линкольна оправдали, Майкл был заключён в федеральную тюрьму «Сона» лицом к лицу с убийцами. Махоун, Бэгвелла и Беллика также заключили в Сону за различные преступления. «Компания» взяла в заложники Сару и Линкольна-младшего и отпустит их, если Линкольн и Майкл помогут бежать заключённому.

Люди, которые захватили в плен подругу Скофилда Сару Танкреди, подстраивают её убийство (присылают Линкольну голову похожей на Сару женщины — это выясняется лишь в 4 сезоне, однако и в ходе 3 сезона у зрителей возникают вопросы, поскольку самой сцены убийства показано не было) и угрожают убить его сына Эл-Джея. Братьям необходимо выполнить условия правительственных вымогателей и вывести из «Соны» загадочную личность — Джеймса Уистлера.
[code]Сезон 4 (2008—2009)

Премьера 4 сезона состоялась 1 сентября 2008 года.[1] Как и обещали продюсеры, Сара Танкреди, которая, как полагали, была убита в третьем сезоне, вернулась в сериал[2]. В новом сезоне также появились новые герои, в их числе агент МВД Дон Селф (Майкл Рапопорт), объединившийся с Майклом и Линкольном в борьбе против «Компании». В основе сюжета — охота на «Сциллу» — секретное устройство, хранящее в себе тайны «Компании».